農村金融存量改革是農村正規金融組織適應農村金融市場需要而持續進行的帕累托改進，其目的農村金融現狀是盤活農村金融資源存量，農村金融現狀激活農村正規金融的資本活力，從而在服務“三農”與自我發展之間找到最優解。

為了更好地適應農村金融外部環境的變化，農村信用社及時調整了改革的方向和思路，從合作制轉向以商業化為導引，以股份制為核心，農村金融現狀以建立現代金融產權為目的的改革思路。新世紀以來的農村信用社改革思路早在2002年中央出臺的《關于進一步加強金融監管，深化金融企業改革，促進金融業健康發展的若干意見》中就已初步形成，指出“農村信用社改革的重點是明確產權關系和管理責任”。2003年，以《國務院關于印發深化農村信用社改革試點方案的通知》為標志的，以“明晰產權關系，強化約束機制，增強服務功能，國家適當支持，地方政府負責”為總要求的農村信用社改革正式啟動，決定在縣聯社的基礎上成立省級聯社。按照《方案》的要求，農村金融現狀選擇了吉林等8個省市作為農村信用社改革的試點單位。并在2004年的《關于進一步深化農村信用社改革試點的意見》中把試點單位覆蓋到北京等21個省市。隨著2006年海南省農村信用社改革試點正式啟動，中國農村信用社改革具有了全國意義。

這一時期的農村金融改革主要有兩個方面的特征。一方面，重新理順了農村信用的歸口關系，把農村信用社的管理權由中央銀行系統轉移到省級政府手中，農村金融現狀成立省級聯社，由省聯社領導和管理基層農村信用社，由銀監會和人民銀行共同監管。另一方面，以深化農村信用合作社產權為核心，農村金融現狀通過增資擴股等方式壯大信用社規模，因地制宜地選擇股份制、股份合作制和合作制等多元產權形式，完善農村信用社的法人治理結構。隨著2003年中國首家股份合作制銀行——寧波鄞州農村合作銀行誕生，中國農村信用社產權改革正式進入法人治理軌道。