1984年，黨的十二屆三中全會提出《中共中央關于經濟體制改革的決定》（簡稱《決定》），《決定》科技貸款提出要突破把計劃與市場對立起來的傳統觀念，科技貸款充分認識社會主義計劃經濟須自覺依據和運用價值規律，商品經濟是社會主義經濟發展不可逾越的階段等，標志著中國經濟體制改革進入新階段。隨著科技貸款經濟體制由計劃經濟向商品經濟轉型，中國金融體系也開始向市場化轉變。1984年，國務院頒布《中華人民共和國銀行管理暫行條例》，科技貸款規定了中國人民銀行作為中央銀行的職責和權限，對商業銀行和非銀行金融機構經營原則和經營范圍等問題予以明確。在金融機構改革方面，成立中國工商銀行以承擔原本由中國人民銀行辦理的工商企業儲蓄信貸業務，形成四大國有銀行格局；1986年起，以交通銀行股份制改革為開端，科技貸款陸續成立了一批商業性股份制銀行；信托公司、財務公司、證券公司等非銀行金融機構取得一定發展。

隨著經濟體制改革的深入，科技與經濟相脫節的問題日益凸顯，迫切需要進行科技體制改革以發揮科技人員的智慧和創造才能，科技貸款加快科技成果向現實生產力轉化過程。1985年發布的《關于科學技術體制改革的決定》標志著科技體制改革全面啟動，該文件指出，科技體制改革的主要內容包括改革撥款方式，發展技術市場，科技貸款克服單一依賴行政手段管理科技工作，在對國家重點項目實施計劃管理的同時，充分利用市場手段使科技機構具有自我發展能力和活力。