中金所國債期貨合約采用的交割方式為實物交割，這一點非常重要，因為交割方式實物交割制度是國債期貨價格與現貨價格存在相關性的基礎，也是很多交易策略生效的前提條件。

中金所公布的交割細則規定，國債期貨合約的交割可以分為兩個階段，即滾動交割和集中交割。交割方式合約進入交割月份后至最后交易日之前的這段時間為滾動交割階段。交割方式滾動交割階段目前采用空頭舉手規則，即空頭主動提出交割申報后，中金所會尋找相匹配的多頭方完成交割。而在國債期貨上市初期，交割方式滾動交割階段采用的是多空雙方同時舉手的交割規則，交割方式即多頭和空頭均提出交割意向才會配對交割。規則的修改會影響多空雙方的交易行為。在最后交易日收市后，即進入了集中交割階段。交割方式中金所會自動匹配多空雙方的持倉進行交割配對，整個過程在連續三個交易日內完成，即第一、第二和第三交割日。第一交割日為申報交割信息和交券日，第二交割日為配對繳款日，第三交割日為收券日。