應收賬款質押擔保由于配套的法律法規及司法解釋的滯后，應收賬款質押擔保在實踐中也出現了種種弊端。

主要表現在：①鑒于賬面上的應收賬款不像動產那樣容易掌控，雖然法律上允許應收賬款質押，但在擴大擔保面的同時也會增加相應的風險，信用風險可能增大。應收賬款質押雖然是一種權利質押，但由于應收賬款是建立在債務人商業信用基礎之上的信用債權，應收賬款質押擔保的可靠性取決于應收賬款本身質量的好壞，應收賬款質押擔保即很大程度上依賴次債務人（應收賬款債務人）的信用狀況；如果應收賬款本身缺乏真實性、可靠性且次債務人信用程度較差，則應收賬款的保障性就差。②在應收賬款質押登記后，應收賬款質押擔保登記申請主體即質權人可自行根據情況隨時申請注銷質押登記，屬于“單方登記”。也就是說，應收賬款質押登記的效力和是否終止始終由質權人“控制”。而作為登記機構的中國人民銀行征信中心只對登記文件進行審查，其既不向出質人進行核實或確認，也不對出質人所出質的應收賬款進行調查或向次債務人進行核實和確認。登記文件及所質押應收賬款的真實性和合法性，均由登記申請主體即質權人自行審查和負責，屬于“消極擔保登記”。因此這種登記的主觀性、單一性和消極性極易導致其片面性，使其客觀真實性減弱，造成權力實現的風險增大。③質權人在為企業辦理應收賬款質押擔保中所存在的風險也十分明顯。例如，質押人的債務是否真實存在；質押人是否利用提前開票、虛假賬齡或虛構應收賬款等行為進行欺詐。其中，在應收賬款質押擔保應收賬款質押擔保方式中，加重了質權人的審查責任和義務。④應收賬款質押登記的內容具有一定的“隨意性”。中國人民銀行征信中心《應收賬款質押登記辦法》（中國人民銀行令〔2007〕第4號）和《應收賬款質押登記操作規則》[插圖]規定，質權人既可以對應收賬款進行概括性描述，也可對其進行具體描述，這樣極易造成權利義務和責任范圍的不清晰。而在辦理質押登記方面，登記機構所登記的內容具有相對統一性，即一般須載明質押的財產范圍和質押權人的名稱等，并以登記為準，對質押的相關法律關系予以確認。⑤應收賬款實質上是債務人對次債務人享有的已到期或未到期的未清償債權，具有相對性，不屬于絕對性。因此，應收賬款的實現，既要受到其次債權人（出質人）對應收賬款不同處置的影響，還要受到訴訟時效制度的制約，甚至可能受到次債務人抗辯權和追索權的制約。雖然應收賬款在質押時進行了登記，但應收賬款的轉讓又具有隱蔽性，出質人可能在應收賬款出質后再將其轉讓，或次債務人在債務到期時向出質人清償或到期時提前予以清償而消滅應收賬款時，質押的標的滅失。此時質權人的利益就會受到損害，應收賬款質押擔保就會失去保障功能。⑥質權人雖在應收賬款質押后對其享有質押權，但應收賬款仍處于出質人的管理下，并且出質人是否有效管理應收賬款會影響應收賬款的有效性。特別是，由于對次債務人的信用和清償行為難以掌控。這種有效性還在較大程度上控制在次債務人的手中，給質權人權利的實現帶來風險。