對于內部交易的公司債券，在編制合并財務報表時，首先，公司債券和股票的區別應當將應付債券與債權投資項目的金額予以抵銷；其次，對于分期付息、公司債券到期一次還本的公司債券，應將應付利息與應收利息項目的金額予以抵銷；最后，將當期確認的實際利息費用（財務費用或在建工程）與持有該公司債券的投資收益予以抵銷。在公司債券集團內部成員企業從集團外部第三者取得集團成員企業發行的公司債券的情況下，發行公司債券的企業其應付債券的金額與持有該公司債券企業的債權投資的金額不一致，公司債券兩者之間存在著差額。這是因為持有該公司債券的企業購買取得該公司債券，對其進行會計處理時，按面值記入“債權投資——成本”科目，按支付價款與面值之間的差額記入“債權投資——利息調整”科目。

這一差額，實際上是原持有該公司債券的企業實現的損益，對于整個企業集團來說，則屬于推定股票贖回損益。對于這一差額，在編制合并財務報表時應當通過合并抵銷處理，公司債券將其轉作財務費用處理。這一做法，實際上是將從外部購入內部公司債券股票支付價格高于原發行價格的差額在合并財務報表中計入當期合并損益。公司債券進行合并抵銷處理時，按應付債券的金額，借記“應付債券”項目，按債權投資的金額，貸記“債權投資”項目，按兩者之間的差額，借記或貸記“財務費用”項目。