對于應付利息和應收利息由于均是按面值和票面利率計算的，公司債券計算方法不存在差異，在合并抵銷處理時沒有特殊之處。進行合并抵銷處理時，按公司債券公司債券面值和票面利率計算的應收、應付利息的金額，借記“應付利息”項目，貸記“應收利息”項目。

對于當期因該內部交易公司債券計算確認的實際利息費用（財務費用）與公司債券債權投資計算確認的投資收益的抵銷，由于應付債券的賬面價值與債權投資賬面價值之間的差額，以及按實際利率法對各自確認的溢價或折價金額的差異，公司債券發行企業因該公司債券計算確認的實際利息費用（財務費用）與購買企業持有該公司債券計算確定的投資收益之間也存在著差額。在對其進行合并抵銷處理時，應當將其差額轉作財務費用處理。公司債券進行合并抵銷處理時，按購買企業因持有該公司債券計算確定的投資收益的金額，借記“投資收益”項目方法，按發行企業因發行該證券而確認的實際利息費用（財務費用）的金額，貸記“財務費用”等項目方法，按兩者之間的差額，借記或貸記“財務費用”項目。